Koska tällä kertaa aikomuksena on vain jakaa pieni pala kiinnostavaa dataa eikä kirjoitella sen kummempia, kirjoitan postauksen sekä suomeksi että englanniksi samaan syssyyn. Toivottavasti selailu pysyy silti selkeänä. 🙂

| This will be a very short blog post just to show some data, so I’ll be trying out writing it in two languages at once. Hopefully it’s clear enough for everyone to read.

Tarkasteltava kuvaaja on tehty pitkä- ja lyhytkarvaisten hollanninpaimenkoirien lonkkakuvaustulosten pohjalta, sisältäen tuloksia kaikista mahdollisista maista. Keräyksen jälkeen tämä data on ajettu lonkkaindeksit laskevan ohjelman läpi (Brian Kinghorn’s Pedigree Viewer, toistaiseksi ainoa ilmaiseksi tämän laskennan tarjoava softa jonka olen löytänyt). Laskennassa on otettu huomioon myös muutamia ympäristön vaikutuksia, kuten kuvausikä, sukupuoli, kuvausmaa jne. Keskiarvoa kuvaavaksi luvuksi valittiin 100, mikä tarkoittaa sitä että mikä tahansa koira jonka indeksi on 100 edustaa jalostusarvoltaan rodun keskiarvoa. Indeksit luvun 100 alapuolella ovat keskiarvoa huonompia jalostusarvoja, ja luvun 100 yläpuolella kuvataan keskiarvoa parempia jalostusarvoja.

Kuvaajassa nähdään eri lonkkatulosten jakautuminen eri indeksien alueelle.

| This graph is based on data gathered from longhaired and shorthaired Dutch Shepherds all over the world. This includes hip scores from all possible countries. These hip scores and pedigree data were used to calculate an estimated breeding value for each dog, using Brian Kinghorn’s Pedigree Viewer, currently the only software I have found that does this insane work for free. The calculation also takes into account some environmental effects, like age at the time of x-ray, gender, country of evaluation etc. Number 100 was selected to represent the average, so any dog with a hip index of 100 has exactly an average breeding value. Numbers below 100 are below-than-average breeding values, and numbers above 100 represent breeding values that are above the average.

| The graph presents the distribution of various hip scores around different breeding values.

A = yksilötulosta HD A vastaavat | individual results equating to HD A
B = yksilötulosta HD B vastaavat | individual results equating to HD B
C = yksilötulosta HD C vastaavat | individual results equating to HD C
D = yksilötulosta HD D tai huonompi vastaavat | individual results equating to HD D or worse

Mitä johtopäätöksiä kuvaajasta voi tehdä? Ainakin sen, että paremmilla lonkkatuloksilla saa todennäköisemmin paremman lonkkaindeksin. Lonkkatulosten A mediaani oli 102, tulosten B 100, tulosten C 98 ja sitä huonompien 95, juuri kuin voisi odottaakin. Yksilön lonkkatuloksen ollessa alle HD D tai huonompi, ei indeksi ollut parhaimmassakaan tapauksessa edes keskiverto, tukien ajatusta siitä että tälläinen tulos ei ole hyödyllinen jalostusta varten. Tuloksen HD C saaneista koirista helposti suurin osa oli niinikään keskiverron jalostusarvon alapuolella, mutta parhaimmillaan tällä tuloksella pystyi kuitenkin vielä saamaan lonkkaindeksin 103, tarkoittaen sitä että harvoissa tapauksissa C-lonkkaisellakin koiralla voi parantaa rodun lonkkatilannetta. B-lonkissa oli muutamia ääripään yksilöitä, joilla oli heikommat jalostusarvot kuin puolella edes D-lonkkaisista, mutta myös toisen ääripään yksilöitä joilla oli paremmat jalostuarvot kuin 75%:lla A-lonkkaisista. Nimenomaan B-lonkka oli tässä kuvaajassa eniten variaatiota tarjonnut yksilötulos.

| So what kind of conclusions can we make from this chart? At least that better hip scores seem to give overall better breeding values. The median for A-type scores was 102, B 100, C 98 and worse than that 95, just like you would expect. If the individual score was HD D or worse, the hip index was never even up to the average, supporting the idea that this type of result is not beneficial for breeding. Most dogs with HD C were easily below average breeding values as well, but there were some dogs with breeding values up to 103 with this score, meaning that in some rare cases even a dog with HD C hips can improve the genetics in the breed. HD B had a few outliers with weaker breeding values than half of D hips, but also outliers on the others side where breeding values were better than 75% of HD A scores have. B hip seemed to be the most variable individual result in this graph, but we won’t go into the why in this post.

Koska suurimmalla osalla A-lonkkaisista koirista on jalostusindeksi 100 tai yli, voit olla suhteellisen varma että yhdistämällä HD A + HD A parannat lonkkatilannetta rodussa. Tähän ei kannata kuitenkaan tuudittautua, sillä A-lonkkainen koira voi olla geneettisesti jopa niin heikko, että sen kumppani tarvitsee indeksin 106 (matalin HD A tulos 94 indeksillä) jotta yhdistelmä yltäisi edes keskivertoon. Tässä samassa datassa vain 2% A-lonkkaisista koirista koskaan saavutti jalostusindeksin 106, tarkoittaen sitä että edes tekemällä vain HD A + HD A -yhdistelmiä ei voi varmistaa geneettistä edistymistä. Satunnaisesti valituissa HD A + HD B -yhdistelmissä molemmat vanhemmat jäävät jo (karkeasti) 12% todennäköisyydellä geneettisen keskitason alle. Indeksit kertovat aina tilanteesta “pintaa syvemmällä”. Kuvaajasta voi toki tulkita paljon muutakin, mutta sen jätän nyt lukijalle, jotta postaukselle ei tule liikaa pituutta!

| Because most dogs with A hips have breeding values over 100, you can be relatively confident that by pairing HD A + HD A you’ll improve the hips in the breed. However, a dog with HD A can also be genetically weak enough that you’d need an index of 106 (lowest outlier with 94 index) for their partner to even reach the average. In this data, only 2% of all HD A dogs ever reach EBV of 106, meaning even pairing HD A + HD A is after all not a surefire way to improve hip genetics in the breed. In randomly selected HD A + HD B combinations it’s already (roughly) 12% likely that both parents represent below average genetics. Only estimated breeding values will tell you what is “under the surface”. There are many more things to be seen in this little chart, and I encourage you to look for them. This is after all just a short post giving you the data. 🙂

Indeksien käyttäminen ei ole aina virheetöntä (arvosteluvarmuus vaihtelee tutkittujen sukulaisten määrien perusteella), mutta se on aina parempi vaihtoehto kuin pelkkien yksilötulosten, tai edes yksilötulosten ja lähisukulaisten tulosten katsominen “käsin”.

Voit lukea lisää indekseistä Kennelliiton sivuilta, ja lisäksi olen kirjoittanut lyhyen arvostelun asiaa käsittelevästä tutkimuksesta: Estimated breeding values for better selection (.pdf)

| Using estimated breeding values is not always infallible (confidence varies based on the number of available hip scores in the family), but it is always a better option than just looking at individual results, or even looking at individual results + family results “by hand”.

| If you are interested to know more about EBVs, I’ve written a short critical summary about a paper addressing them: Estimated breeding values for better selection (.pdf)

UNDERSTANDING BOXPLOTS